广泛地说，一个JMS应用就是一个或多个JMS客户端相互之间交换消息。这个应用也可能包括非JMS客户端，当然非JMS客户端使用JMS提供者的原生API而不是JMS API。
一个JMS应用可以作为一个独立单元来架构和部署。很多情况下，多个JMS客户端是逐步的添加到已经存在的应用。
JMS应用中使用的消息定义，可能是来源于JMS的、也可以是来源于应用中的非JMS部分。