JMS API被设计成既适用于标准版Java平台（Java SE）的Java客户端应用，也适用于企业版Java平台（Java EE）上的Java中间层服务。
JMS提供者必须提供对Java SE上的Java客户端应用的支持。而具体的某个JMS提供者是否提供对Java EE上的Java中间层服务的支持，则是可选的。
但是Java EE规范要求一个完整的Java EE平台实现必须包含一个同时支持Java SE和Java EE平台的JMS提供者。
Java EE为消息应用引入了很多超出JMS规范的额外特性，例如消息驱动beans（message-driven beans，MDBs）和JTA事务。Java EE同时也对JMS API的使用强加了一些约束。
在Java EE应用中使用JMS的更多信息，参见第12章“在Java EE应用中使用JMS API”。