Biopython 教程与手册

Biopython 教程与手册

Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck,

Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczyński

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Last Update – 22 March 2013 (Biopython 1.61+)

Contents

• 第1章 介绍
  • 1.1 什么是Biopython？
  • 1.2 在Biopython包中我能发现什么？
  • 1.3 安装Biopython
  • 1.4 常见问答（FAQ）
• 第2章 快速开始 —— 你能用Biopython做什么？
  • 2.1 Biopython功能概览
  • 2.2 处理序列
  • 2.3 用法示例
  • 2.4 解析序列文件格式
  • 2.5 连接生物学数据库
  • 2.6 下一步做什么
• 第3章 生物序列对象
  • 3.1 序列和字母表
  • 3.2 序列表现的像字符串一样
  • 3.3 切取序列
  • 3.4 将序列对象转换成字符串
  • 3.5 连接或添加序列
  • 3.6 改变大小写
  • 3.7 核苷酸序列和（反向）互补序列
  • 3.8 转录
  • 3.9 翻译
  • 3.10 翻译表
  • 3.11 比较Seq对象
  • 3.12 MutableSeq对象
  • 3.13 UnknownSeq对象
  • 3.14 直接使用字符串
• 第4章 序列注释对象
  • 4.1 SeqRecord对象
  • 4.2 创建 SeqRecord
  • 4.3 Feature, location 和 position对象
  • 4.4 References
  • 4.5 格式化方法
  • 4.6 SeqRecord切片
  • 4.7 SeqRecord对象相加
  • 4.8 反向互补SeqRecord对象
• 第5章 序列输入和输出
  • 5.1 解析/读取序列
  • 5.2 从压缩文档读取解析序列信息
  • 5.3 解析来自网络的序列
  • 5.4 序列文件作为字典
  • 5.5 写入序列文件
• 第6章 多序列比对
  • 6.1 读取多序列比对数据
  • 6.2 序列比对的写出
  • 6.3 序列比对的操纵
  • 6.4 构建序列比对的工具
• 第7章 BLAST
  • 7.1 通过Internet运行BLAST
  • 7.2 本地运行BLAST
  • 7.3 解析BLAST 输出
  • 7.4 BLAST 记录类
  • 7.5 废弃的BLAST 解析器
  • 7.6 处理PSI-BLAST
  • 7.7 处理 RPS-BLAST
• 第8章 BLAST和其他序列搜索工具(实验性质的代码)
  • 8.1 SearchIO对象模型
  • 8.2 一个关于标准和惯例的注意事项
  • 8.3 读取搜索输出文件
  • 8.4 用索引处理含有大量搜索输出的文件
  • 8.5 写入和转换搜索输出文件
• 第9章 访问NCBI Entrez数据库
  • 9.1 Entrez 简介
  • 9.2 EInfo: 获取Entrez数据库的信息
  • 9.3 ESearch: 搜索Entrez数据库
  • 9.4 EPost: 上传identifiers的列表
  • 9.5 ESummary: 通过主要的IDs来获取摘要
  • 9.6 EFetch: 从Entrez下载更多的记录
  • 9.7 ELink: 在NCBI Entrez中搜索相关的条目
  • 9.8 EGQuery: 全局搜索- 统计搜索的条目
  • 9.9 ESpell: 获得拼写建议
  • 9.10 解析大的Entrez XML文件
  • 9.11 错误处理
  • 9.12 专用的解析器
  • 9.13 使用代理
  • 9.14 实例
  • 9.15 使用历史记录和WebEnv
• 第10章 Swiss-Prot和ExPASy
  • 10.1 解析Swiss-Prot文件
  • 10.2 解析Prosite记录
  • 10.3 解析Prosite文件记录
  • 10.4 解析酶记录
  • 10.5 Accessing the ExPASy server
  • 10.6 浏览Prosite数据库
• 第11章 走向3D：PDB模块
  • 11.1 晶体结构文件的读与写
  • 11.2 结构的表示
  • 11.3 紊乱
  • 11.4 异质残基
  • 11.5 浏览Structure对象
  • 11.6 分析结构
  • 11.7 PDB文件中的常见问题
  • 11.8 访问Protein Data Bank
  • 11.9 常见问题
• 第12章 Bio.PopGen：群体遗传学
  • 12.1 GenePop
  • 12.2 溯祖模拟（Coalescent simulation）
  • 12.3 其它应用程序
  • 12.4 未来发展
• 第13章 Bio.Phylo系统发育分析
  • 13.1 示例: 树中有什么？
  • 13.2 I/O 函数
  • 13.3 查看和导出树
  • 13.4 使用Tree和Clade对象
  • 13.5 运行外部程序
  • 13.6 PAML整合
  • 13.7 未来计划
• 第14章 使用Bio.motifs进行模体序列分析
  • 14.1 模体对象
  • 14.2 位置权重矩阵
  • 14.3 位置特异性得分矩阵
  • 14.4 搜索实例
  • 14.5 模体对象自身相关的位置特异性得分矩阵
  • 14.6 模体比较
  • 14.7 查找 De novo 模体
  • 14.8 相关链接
  • 14.9 旧版Bio.Motif模块
• 第15章 聚类分析
  • 数据表示法
  • 缺失值
  • 随机数生成器
  • 15.1 距离函数
  • 15.2 计算类的相关性质
  • 15.3 划分算法
  • 15.4 系统聚类
  • 15.5 Self-Organizing Maps
  • 15.6 主成分分析
  • 15.7 处理 Cluster/TreeView-type 文件
  • 15.8 示例
  • 15.9 附加函数
• 第16章 监督学习方法
  • 16.1 Logistic 回归模型
  • 16.2 k-最近邻居法（ KNN ）
  • 16.3 Naive贝叶斯
  • 16.4 最大熵
  • 16.5 马尔科夫模型
• 第17章 Graphics模块中的基因组可视化包—GenomeDiagram
  • 17.1 基因组可视化包—GenomeDiagram
  • 17.2 染色体
• 第18章 Cookbook – 用它做一些很酷的事情
  • 18.1 操作序列文件
  • 18.2 序列解析与简单作图
  • 18.3 处理序列比对
  • 18.4 替换矩阵
  • 18.5 BioSQL – 存储序列到关系数据库中
• 第19章 Biopython测试框架
  • 19.1 运行测试
  • 19.2 编写测试
  • 19.3 编写 doctests
• 第20章 高级
  • 20.1 解析器的设计
  • 20.2 替换矩阵
• 第21章 为Biopython做贡献
  • 21.1 错误报告与功能需求
  • 21.2 邮件列表与帮助新手
  • 21.3 贡献文档
  • 21.4 贡献学习手册示例
  • 21.5 维护跨平台发行版本
  • 21.6 贡献单元测试（Unit Tests）
  • 21.7 贡献源码
• 第22章 附录：Python相关知识
  • 22.1 到底什么是句柄（handle）？
• References

Indices and tables

• Index
• Module Index
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