第21章 为Biopython做贡献¶
21.1 错误报告与功能需求¶
对于biopython的开发者来说，从使用者得到反馈是非常重要的；来自于众多使用者的问题反馈、错误报告（以及补丁）对于biopython这样的开源项目有着莫大的帮助。
Biopython邮件列表 是一个讨论功能需求和潜在bugs的主要论坛：
- biopython@biopython.org – 讨论任何跟biopython有关的问题。
- biopython-dev@biopython.org – 开发者用于讨论biopython开发的邮件列表（其他人员同样可以做出贡献）
除此之外，如果你发现bug， 请提交到我们的bug监控页面（http://redmine.open-bio.org/projects/biopython） 这样，这些bug才不至于淹没于浩如烟海的收件箱中被遗忘。
21.2 邮件列表与帮助新手¶
我们希望所有的biopython使用者都在biopython主邮件列表注册并订阅相关邮件。同时使用者在对某一领域有一定了解之后，也希望他们能够帮助入门者并对他们的问题进行解答，毕竟每个人开始的时候都是菜鸟。
21.3 贡献文档¶
我们很高兴能从用户那里收到反馈，不论是通过bug报告还是邮件列表的形式。或许在你阅读这一教程的时候，你可能会发现某些你所感兴趣的话题没被涉及或者没有解释清楚。甚至biopython的内建文档（docstrings）以及一些在线文档（http://biopython.org/DIST/docs/api）有所缺失，有能力的用户都可以帮助我们填补这些空白。
21.4 贡献学习手册示例¶
如 18 章中用户手册解释的那样，如今biopython有一个汇集用户贡献的使用文档的wiki文库（http://biopython.org/wiki/Category:Cookbook），也许你也可以把做的一些使用说明放在这里。
21.5 维护跨平台发行版本¶
目前我们提供biopython的源代码安装（适用于任何操作系统，如果你安装了正确的编译工具的话），同时还提供有点击运行的windows安装工具。这涵盖了当今当多数操作系统。
对于大多数linux操作系统来说，都有志愿者将源代码进行编译成包，同时也解决了包依赖等相关问题，linux用户可以很容易的安装。对于这些工作，我们非常感激。如果你想要对于这一工作有所贡献的话，请阅读你的linux发行版关于这一事项的详细说明。
对于想要从事这一工作的用户，以下是一些关于主要操作系统平台的建议：
- Windows
– Windows 产品通常有一个图形安装工具，能够将biopython所有的基本组建安装到相应的目录。我们使用 Distutils 工具来创建能完成这一任务的installer。
首先，你要确定你的Windows操作系统中安装了C编译器，而且你能够正确编译并安装（通常这是困难的地方），可以参考Biopython安装说明。
在你配置好C编译器之后，安装工作就很简单：
python setup.py bdist_wininst
目前，在32位Windows操作系统上安装biopython没有任何问题。只是64位操作系统的安装还没能实现，要是谁能在这方面做点贡献就太好了。
- RPMs
– RPMs在一些linux发行版中是非常流行的包管理系统，在RPMs主页（http://www.rpm.org）有很多关于RPMs的文档说明帮助你快速的开始。为你的系统创建一个RMP是很容易的一件事。你仅仅需要将源代码编译成包（需要一个能正常工作的C编译器），更多信息可以参考Biopython安装说明。
创建一个RPM,仅需做以下工作：
python setup.py bdist_rpm
在终端运行以上命令后，会在
dist目录下创建一个跟你使用的操作系统相关的RPM，以及一个RPM源文件。一般情况下，这个RPM能正常工作。简洁而实用！- Macintosh
- – 由于Apple迁移到Mac OS X, 很多工作就简单多了。 一般来说，Mac操作系统相当于一个Unix变体，Biopython源码的安装同在linux上一样容易。安装Apple’s X-code是安装所有GCC编译器最简易的方法。 我们或许会为Mac操作系统提供点击-安装的工具，但目前为止还没必要。
一旦得到一个安装包，务必在你的系统上检测并确保所有文件能够正确安装并能正常工作。在这一工作完成之后，你的工作就结束了，剩下的就是Biopython开发者的事了（如果不确定该发送给谁，可以给Biopython主邮件列表发送邮件），谢谢！
21.7 贡献源码¶
除了使用Python语言开发生物学相关的程序外，任何人都可以没有限制地加入Biopython源码的开发。任何人若对某方面的编程感兴趣，Biopython邮件列表是讨论此事最合适的地方——只需告知我们你的兴趣所在或工作内容。通常来讲，在开发某个模块之前，我们会在邮件列表里讨论此事，因为这样做会有助于产生好的想法，讨论完成之后，就剩下编程了！
主要的Biopython发布版本会尽量做到统一和通用，以方便用户的使用。在附带文档（http://biopython.org/wiki/Contributing）中，你可以获取在Biopython中用到的编程方式的原则。同时，我们也尽量在发行版和文档中加入源码和测试（关于regression tesing framework详见 19 章），以使得各方面能保持一致并正常工作。
值得注意的是，你需要有合法的权利去贡献源码并且在Biopython发行许可下发布。当然了，要是你的程序完全是由你自己编写，没有任何其他的代码，就不要为此担心了。另外，在贡献衍生版本的时候，会有些问题——比如说一些给予GPL或者LPGL的程序与Biopython许可不相容。如果你有什么疑问，请在biopython—dev邮件列表里讨论。
另外一个关于向Biopython贡献源码的问题涉及到开发和运行时依赖问题。一般来讲，编写程序调用像BLAST、EMBOSS或者ClustalW这样的独立程序没什么问题。但是，任何依赖于其他文库的程序——即使是Python文库（尤其是像NumPy这样用于编译和安装Biopython的文库）就需要做进一步的讨论。
除此之外，如果你手头有某些代码，而你又觉得不适合发行版，却又想共享出来，你可以将它们放在一个专门收集生物信息学Python代码的地方（http://biopython.org/wiki/Scriptcentral），
希望这个文档能在你使用Biopython的过程中带给你想要的信息，当然了，最重要的就是贡献。